Τα δείγματα των ριζών τοποθετήθηκαν σε τριβλία Petri για να απομακρυνθούν υπολείμματα εδάφους με βοήθεια λαβίδας και σε απορροφητικό χαρτί για να απομακρυνθεί-εξατμιστεί η αλκοόλη.
Ποσότητα έως 0,1 g από έως 10 άτομα του ίδιου είδους ανά περιοχή, τοποθετήθηκε σε πέντε φιαλίδια μαζί με σφαιρίδια και στη συνέχεια αποθηκεύτηκαν στους -20°C μέχρι την εξαγωγή DNA. Σε περίπτωση μικρών ποσοτήτων δημιουργήθηκαν σύνθετα δείγματα. Η υπόλοιπη ποσότητα των ριζών τοποθετήθηκε σε σωλήνες φυγοκέντρησης για χρώση και καταμέτρηση του μυκορριζικού αποικισμού στο μικροσκόπιο.
Επειδή ο αριθμός των ατόμων των οποίων καταμετρήθηκε ο αποικισμός μεταβάλλεται ανάλογα με την διαθέσιμη ποσότητα ρίζας μετά την ζύγιση/αποθήκευση για εξαγωγή του DNA, κατά περίπτωση δημιουργήθηκαν και σύνθετα δείγματα. Από το ριζοσφαιρικό έδαφος εξήχθησαν σπόρια για καταμέτρηση και ομοιογενείς ομάδες σπορίων ανά μορφότυπο διατηρήθηκαν σε διαφάνειες (slides) για μικροσκοπική παρατήρηση (βλέπε ενδεικτικές φωτογραφίες παρακάτω).
Επίσης, το ριζοσφαιρικό έδαφος εφαρμόστηκε ως εμβόλιο σε φυτοδοχεία με 2 kg υποστρώματος (αποστειρωμένο μίγμα 1:1 άμμος : βερμικουλίτης) με μηδική, πεντάνευρο και καλαμπόκι ως φυτά-παγίδες για πολλαπλασιασμό του εμβολίου και απομόνωση σπορίων.
Φωτογραφίες απομονωμένων μορφότυπων σπορίων από ριζόσφαιρες ελληνικών ειδών τουλίπας.
Εικόνες μυκορριζικού αποικισμού σε ρίζες ελληνικών ειδών τουλίπας: A: Κύστες από δείγμα Τ1, B: Απρεσσόριο – σημείο εισδοχής, από δείγμα Τ21, Γ: Θύσανοι από δείγμα Τ22, Δ: πολύ λεπτές υφές από δείγμα Τ39.
